Ο Βακαλόπουλος, γεννήθηκε στον Βόλο στις 11 Αυγούστου του 1909. Ο πατέρας του εγκαταστάθηκε μετά τη λήξη των δύο Βαλκανικών πολέμων με την οικογένειά του στη Θεσσαλονίκη το 1914. Σπούδασε στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου της Θεσσαλονίκης. Κατά τη διάρκεια των σπουδών του συμμετείχε ως βοηθός στις ανασκαφές που πραγματοποιούσε στην τοποθεσία Μικρό Έμβολο ο Κωνσταντίνος Ρωμαίος. Αργότερα ειδικεύτηκε στη βυζαντινή και νεοελληνική ιστορία με μεταπτυχιακές σπουδές στη Γερμανία. Εργάσθηκε αρχικά ως καθηγητής στη Μέση εκπαίδευση διδάσκοντας ιστορία, αρχαία ελληνικά και νέα ελληνικά κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του 1930.

Σταδιοδρόμησε στην πανεπιστημιακή κοινότητα του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης αναγορευθείς αρχικά Διδάκτωρ του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (1939) με θέμα της διατριβής του "Πρόσφυγες και προσφυγικόν ζήτημα κατά την Ελληνικήν Επανάστασιν του 1821", η οποία και βραβεύθηκε από την Ακαδημία Αθηνών, άμισθος Υφηγητής της Ιστορίας της Νεωτέρας Ελλάδος της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (1943), έκτακτος καθηγητής από το 1951 και τακτικός από το 1956 μέχρι την συνταξιοδότησή του το 1974.

Στη διάρκεια της Κατοχής συνεργάσθηκε ως ιστορικός με τους υπηρεσιακούς παράγοντες της Γενικής Διοικήσεως Βορρείου Ελλάδος για την απόκρουση των ξένων προπαγανδών (βουλγαρική,ιταλική, ρουμανική) στην περιοχή της Μακεδονίας δημοσιεύοντας εργασίες σχετικά με την ελληνικότητα της Δυτικής Μακεδονίας: Ο εκπολιτιστικός ρόλος του Νέου Ελληνισμού στη Ν.Α.Ευρώπη και Οι περιοχές Εορδαίας και Ελίμειας κατά τους νεωτέρους χρόνους. Διετέλεσε μέλος της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών και πολλών άλλων επιστημονικών σωματείων, ενώ εκπροσώπησε την Ελλάδα σε πολλά διεθνή επιστημονικά συνέδρια. Έτυχε πολλών τιμητικών διακρίσεων: α΄βραβείο "Αριστείον Ιστορικών και κοινωνικών Επιστημών" Ακαδημίας Αθηνών, το1970, που απονεμήθηκε για πρώτη φορά, βραβείο Ζάππα, διεθνές βραβείο Herder (1979) απότην Αυστριακή Ακαδημία Επιστημών.

Οι επιστημονικές του εργασίες, μικρές και μεγάλες, δημοσιευμένες αυτοτελώς σε διάφορα ελληνικά και ξένα περιοδικά φτάνουν τις 242, ξεκινώντας από το 1935. Υπήρξε συντάκτης σε φιλολογικά και ιστορικά περιοδικά, όπως το Μακεδονικά, το Ελληνικά, το Balkan Studies. Ξεχωρίζει το μεγάλο συνθετικό του έργο Ιστορία του Νέου Ελληνισμού (1962 κ.εξ. τ.6, τ.1-2 μεταφρασμένοι στα γαλλικά "Association pour I΄ encouragement des Etudes Grecques") που πλουτίζεται με δυο χωριστούς τόμους Πηγών της Ιστορίας του Νέου Ελληνισμού. Θεωρείται η σημαντικότερη συνθετική προσπάθεια συγγραφής ελληνικής ιστορίας για την περίοδο της δεκαετίας του 60'. Η ιστορία του Βακαλόπουλου εκφράζει την συμβαντολογική γερμανική ιστορική σχολή.

Ο Βακαλόπουλος είναι από τους κύριους υποστηρικτές της συνέχειας του Ελληνισμού. Με το έργο του, διεύρυνε τη θεματολογία τις έρευνας, προέβαλε νέες ιστορικές πηγές, αναφέρθηκε σε ζητήματα που αφορούν τη δημογραφία και την οικονομία,την κοινωνική οργάνωση και τον καθημερινό βίο. Επίσης αναφέρθηκε στην Ελληνική διασπορά και στον πολλαπλό της ρόλο, συγκρότησε μια πιο ολοκληρωμένη γενεαλογία των επαναστατικών κινημάτων κατά την Τουρκοκρατία.